年次有給休暇は、労基法が保障する労働者の権利です。
年次有給休暇をとることを賞与の査定でマイナス評価に
することは、労働者がその権利である年次有給休暇を
とることを事実上抑制することになりますので、
年次有給休暇をとる労働者に対する不利益な取扱いとなります。
＜不利益取扱いの禁止＞
労基法は、年次有給休暇をとった労働者に対して、
使用者が賃金を減額したり、その他不利益な取扱いを
しないようにしなければならないことを定めています
（労基法附則１３６）。
例えば、精皆勤手当や賞与を算定する際に、年次有給休暇を
欠勤扱いにすることなどが不利益取扱いに当たります
（S63.01.01 基発１）。
この規定は、年次有給休暇をとった労働者に対する
不利益取扱いが年次有給休暇の取得を抑制し、労基法３９条の
精神に反することなどから、訓示規定として設けられたものです。
精皆勤手当や賞与の減額などの程度によっては、公序良俗に
反するものとして民事上無効（民法９０）となる場合もあります。
厚生労働省～確かめよう労働条件～より
